在《幻想学园Online》中，玩家除了提升等级来增強自身的能力外，还可以利用一套专为強化装备而设的精炼系统来提升装备的能力，只要玩家到达主校园寻找教学楼前方x:400 y:407的NPC“凯恩教授”便能进行各项装备精炼功能。在装备的精炼系统裡，玩家可以选择进行品质提升、打孔、镶嵌、特殊修理及拆除等功能，只要装备经过不断的精炼，其能力亦会得到不断的提升。
品质提升
能夠将装备升级，把装备的能力发挥到最強，在品质提升的过程中，玩家需要因应装备的等级而选择不同的升级水晶来进行装备提升，水晶一共分成四个级数，分別为A级、B级、C级、D级，而每一件装备最高能把品质提升至九级，当装备成功提升品质后，除了装备的各项数值得到強化外，装备外表亦会得到更炫目的效果，但如果品质提升失败的话，升级水晶便会消失，而装备的最大耐久度亦会下降以及有一定机率令装备损坏并消失。
品质提升流程
1. 与“凯恩教授”对话，并选择提升装备的品质选项。
2. 选择需品质提升的装备及水晶，再按确定进行品质提升。
3. 完成品质提升。
打孔及镶嵌
能将拥有不同能力的「属性水晶」镶嵌在装备之內，从而令装备获得额外的特殊能力，与品质提升互相配合使用，能把装备的能力发挥至最強。
打孔介绍
在游戏中，所有在NPC商店购买及战斗获得的装备都能进行打孔功能，每一件装备最多能进行两次打孔功课，而每一次打孔便需要一颗开孔水晶，开孔水晶分为四个等级，分別为A级、B级、C级、D级，使用时需要对应装置的等级，只要成功打孔后便能进行「属性水晶」镶嵌，但要注意，如果打孔失败的话将有一定机率令装备损坏并消失。
流程
玩家与“凯恩教授”对话，并选择为装备打孔选项。
选择需打孔的装备及开孔水晶，再按确定进行装备打孔。
成功进行装备打孔。
